Si estás utilizando la última versión de Ubuntu (9.10 Karmic Koala) y la última versión de Eclipse (descargada de su propia página web, no la que se obtiene de los repositorios de Ubuntu), es posible que des con un error en el que algunos botones de determinados menús no reaccionan a las pulsaciones del ratón como deberían (aunque sí a las combinaciones de teclas Alt-letra, por ejemplo). Parece estar debido a algunos “trucos” gráficos que hace eclipse para saltarse algunas cosas del gdk, y para solucionarlo lo que hay que hacer es lanzar eclipse desde un script como este:
#!/bin/sh export GDK_NATIVE_WINDOWS=1 /opt/eclipse-3.5/eclipse
Cambiando el path último por aquél en el que resida la instalación de Eclipse, claro.
Solución encontrada en norio.be. Otra opción es utilizar la versión de Eclipse del repositorio de Ubuntu, con esa versión el error no aparece.